四月，朱儁军被黄巾军将领波才击败撤退，皇甫嵩只得与朱儁一同退守长社，波才率大军将长社团团围住。汉兵人少势弱，士气低落。
另一边，汝南黄巾军在邵陵击败太守赵谦，广阳黄巾军杀死幽州刺史郭勋与太守刘卫，黄巾军声势不减反增。
五月，洛阳得知皇甫嵩被围，急派曹操率军救援。
可援军尚未抵达，皇甫嵩已定下破敌之策。
一天傍晚，大风骤起，皇甫嵩命士兵手持火把，悄悄出城，利用黄巾军营寨周围的杂草，顺风纵火夜袭。
城外火光冲天，士兵大呼进攻，城上也举火响应，皇甫嵩亲率大军擂鼓突击，冲入敌阵。黄巾军本是流民组成，遇火大乱，四散奔逃。
此时曹操援军恰好赶到，皇甫嵩、朱儁、曹操三军夹击，大破黄巾军，斩首数万，汉军取得第一场决定性大胜。
六月，南阳战局也出现转机。
新任南阳太守秦颉率军与张曼成激战，阵斩张曼成。黄巾军推举赵弘为帅，集结十余万人占据宛城，坚守不出。
皇甫嵩与朱儁则乘胜追击，连续扫荡汝南、陈国一带的黄巾军，追击波才至阳翟，又在西华大败彭脱。残兵欲逃往宛城，孙坚身先士卒，率先登城，将士紧随其后，一举破城，豫州一带的黄巾军基本被平定。
北方战场，卢植更是连战连捷，多次大破张角，斩杀万余人。
张角被迫退守广宗，卢植筑围挖壕，赶制云梯，城池眼看即可攻下。
就在此时，灵帝派宦官左丰前来视察军情。
有人劝卢植贿赂左丰，以免遭谗言，卢植刚正不肯。
左丰怀恨在心，回京后向灵帝诬告卢植故意拖延、作战不力。
灵帝大怒，当即用囚车将卢植押回京师问罪。
朝廷只得重新调整部署：皇甫嵩北上东郡；朱儁继续围攻南阳的赵弘；以董卓代替卢植，北上讨伐张角。
与此同时，巴郡一带以五斗米道张修为首也起兵反叛，攻打郡县，只是规模不及黄巾，暂时未被朝廷重视。
南线战场，朱儁联合荆州刺史徐璆、南阳太守秦颉，共一万八千兵力围攻宛城。
从六月一直攻到八月，始终无法攻克。
朝中有人上奏，请求征调朱儁回京问罪，幸而张温上表力保，灵帝才收回成命。
朱儁自知压力巨大，下令猛攻，阵斩赵弘。黄巾军又推韩忠为首领，继续死守。
朱儁兵
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