锦衣卫巡捕司、军法司、治安司、整训司、算上原来的南北镇抚司和经历司，各个机构各有各的规矩和差事，最上面的两位指挥佥事，两位指挥同知所做的就是分管一片，然后将信息和差事综合起来，彼此沟通，锦衣卫都指挥使则是最后的决定人和更上面的对口人。
都指挥使、指挥同知、指挥佥事这些人都在的时候，下面搜集上来的信息，各自办的差事都会综合起来，彼此沟通顺畅。
比如说巡捕司在街上的兵卒听到了什么消息，治安司的暗探打听到了什么内幕，都层层上报，到了各自管司的千户那里，都是交上来，镇抚司、经历司这些经验丰富的老吏会进行分析判断，然后指派巡捕司和军法司一干办差的机构去解决。
有些大事和敏感的事情则是由锦衣卫都指挥使交给其他衙门或者更上层去，这样不会耽误任何的公务，也可以对京师的风吹草动做出反应。
即便是不作出反应，也可以将这个消息更快的上传到应该知道的人耳中。
不过锦衣卫指挥同知和指挥佥事这两个层级已经完全消失了，在万历皇帝和王通的有意无意下，一直没有人来补缺。
实际上现在居中调度的人是杨思尘，杨思尘有个举人的功名，在锦衣卫中没有任何的官方身份，他就是以王通幕僚的方式在这边坐镇，和治安司的一干头目以及经历司的部分官吏共同主持。
虽说镇抚司和经历司的一干人不服，奈何巡捕司、军法司、整训司和号称“小东厂”的治安司都服，也只能捏着鼻子听从调遣。
自然在官方的说法上，司礼监掌印太监张诚代管锦衣卫，可司礼监掌印那是内廷之首，天下间多少事都需要他老人家拿主意，对锦衣卫这摊子关注的就不是太多，所以实际管事的还是杨思尘。
杨思尘这一撂挑子扯皮，锦衣卫立刻变得有些混乱了，去请示张诚张公公，张公公在锦衣卫衙门里面连个宦官都没有放置，想去宫中找人又怎么会那么容易。
现在是下面的兵卒暗探打听到了消息，一层层递送上来，综合起来想要交给其他各司去分析，去解决，可这些东西都被积压在杨思尘这边，没有杨思尘的签署和批注，其他各司也不敢伸手，大家办的是官差，多一事不如少一事。
治安司知道的消息最多，但治安司却是王通直属的部门，李文远将此处经营的好似铁桶一般，这里对情报和消息的分析处置最有效率和水平，可自从吕万才找到李文远谈了一次之后，治安司也是变得没有效率了。
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