病研究的笠原班，从事细菌媒介昆虫研究的田中班，从事冻伤研究的吉村班，从事赤痢研究的江岛班，从事脾脱疽研究的太田班，从事霍乱研究的凑班，从事病理研究的岗本班和石川班，从事血清研究的内海班，从事药理研究的草味班，从事立克次氏体（包括跳蚤）研究的野口班。
二部（细菌试验），由太田大佐兼任部长。这个部下设一个分部，专门培育和繁殖供散布鼠疫菌用的寄生虫。下属一个航空班和在安达东三十五里的鞠家窑的特别试验场。这个部的主要任务是除了用人作细菌试验之外，还通过八木泽班对植物进行病毒研究和试验。
三部（细菌武器制造），由江口中佐任部长。这个部下属两个工厂，一个是滤水器制造厂，这是为掩人耳目而设的。另一个是在杨马架子的瓷弹壳制造厂，专门生产石井式细菌炸弹等细菌武器。
四部（细菌生产），由川岛少将任部长。这个部下设两个分部，每一分部按照分工独立地进行各种细菌的生产。
五部总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是七三一部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
六部训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。这个部专门负责培训从事细菌研究、生产和使用细菌武器的专业人材。据资料记载，仅少年队员的培训就进行了四期。
七部资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
八部诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和日本人的疾病医疗事宜。
与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责“特别秘密监狱”的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
对游者开放的建筑物中的一座731基地占地6平方公里，由150多幢建筑组成。设施经过很精心的设计，使得其很难被摧毁。一些731的周边设施仍保存到现在，并开发给游客参观。
基地包括各种各样的生产设施。有约4，500个培养跳蚤的容器，6个巨大的制造各种化学制品的锅炉，以及约1，800容器用于生产生物战剂。几天内就可以成产出大约30克腺鼠疫。
数十吨的这些生物武器（以及一些化学武器）在整个战争期间被存放于中国东北的许多地
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