在朱由检记忆中的历史上，自从嘉靖年间戚继光屡次大败倭寇，倭寇就逐渐从东南沿海绝迹了。到了万历朝，中朝联军又大败丰臣秀吉的侵朝日军，打击了日本扩张的野心。自此日本走上了闭关锁国的道路，直到几百年之后的明治维新。
可是在这个时空里，倭寇却是如此嚣张，甚至打到了渤海腹地，这是怎么回事？
听完戚显宗的介绍，朱由检才明白了个大概，也顺带了解了一下日本历史。原来日本在中古时期小国林立，后来由位于本州岛中部的大和国征服了日本的大部分地区，其首领改称“天皇”。
隋炀帝时，当时的日本执政者圣德太子派遣大臣小野妹子觐见炀帝并递交国书，其中有“东天皇敬白西皇帝”之语，惹得隋炀帝勃然大怒。之后隋炀帝之所以固执地三征朝鲜，其中倒有一多半原因是想以朝鲜为跳板，灭了这个不知天高地厚的蕞尔小国。
后来日本聪明地以唐为师，称藩纳贡，并多次派遣唐使来中国学习文化制度，连中国的文字都照搬了过去。这让唐、宋的统治者误以为日本与其他藩属国差不多，而没有看出日本巨大的野心。
再后来蒙元灭宋，日本遂与中国断绝了官方联系。忽必烈曾经发南宋降卒两次渡海攻日，皆因遭遇台风而折戟沉沙，这就是日本人吹嘘的“神风”。日本也因之幸运地避免了覆灭的命运，自此野心逐渐膨胀，不再把中国放在眼里，认为“崖山之后再无中华”，日本反倒是中华文明的正统继承者。
到了明洪武年间，狡诈的日本统治者一方面遣使来“朝贡”，其实就是想多捞点经济利益；另一方面却纵容倭寇袭扰东南沿海，试探明朝的底线。
朱元璋初时也没把日本放在眼里，既然有使臣来朝贡，自然是要接见的。孰料日本使臣答里麻极其狂妄，朱元璋问他“尔国风俗如何”，其实就是和他客套敷衍两句，答里麻却早有准备，以诗作答，大放厥词：“国比中原国，人同上古人。衣冠唐制度，礼乐汉君臣。银瓮储清酒，金刀脍素鳞。年年二三月，桃李自阳春。”
字里行间，竟有标榜日本才是汉唐继承者之意。朱元璋自然大怒，遂拒绝日本朝贡，并在给后代的《祖训》中特意加注：“日本国虽朝实诈，暗通奸臣胡惟庸谋为不轨，故绝之。”
日本与中国的历史联系大抵如此。从其国内而言，这个国家很奇怪，由于国民信奉“神道”，认为天皇不是人而是神，皇室当然也利用这一点维护自己的统治。因此从严格意义上来说，日本曾经是个政教合一的
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