朱由检钦定逆案，将魏忠贤最忠实的爪牙“五虎”、“五彪”全部判处斩刑，并且现场将三法司负责人锁拿问罪，拉开了对阉党分子总清算的序幕。
三天之内，孙承宗、袁可立和王在晋三位老臣也陆续赶到京师。此时全国各地已经掀起了一个弹劾阉党分子的高朝，因为魏忠贤党羽众多，除了五虎五彪之外，尚有“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等，在朝中做官的加起来至少也有二三百人。
首当其冲的是吏部尚书周应秋，此人位居“十狗”之首，居然是凭着一手烤猪蹄的好厨艺讨得魏忠贤的欢心，从微末小官直升为左都御史，又坐到了“吏部天官”的重要位置上，故有“煨蹄总宪”之谑称。
周应秋在天桥亲见朱由检的雷霆手段，这时再害怕、进而提出辞官，已经来不及了。朱由检先顺势将他免职，由孙承宗接任吏部尚书，进而将周应秋下狱，严查其行贿受贿等罪。
而兵部尚书一职自从崔呈秀死后一直空缺，朱由检也顺理成章地把袁可立放到了这个位置上。因为他遍观守边诸臣，将孙承宗、王在晋、袁崇焕等人全算在内，没有一个让他满意的。只有袁可立，能够巧妙地利用皮岛的地理优势牵制后金的后方，还成功策反刘兴祚，可谓有勇有谋，战略和战术上均有独到之处。
至于王在晋，朱由检让他出任户部尚书也是经过认真考虑的。因为王在晋深知边事，曾出任总理户、兵、工三部侍郎，不但对辽东敌我双方的综合实力有着较为清醒的认识，也熟悉各种相关事务。虽然朱由检对他和孙承宗的平辽方略都不大赞成，但自己拟定大计之后，让王在晋去执行，以他的能力，绝对不会出什么岔子。
六部按照重要性排序为吏、户、礼、兵、刑、工，现在六部之中已有四部换了尚书，只有礼部尚书来宗道未换，工部尚书暂时空缺。明眼人都看得出来，崇祯皇帝刷新吏治的意图已经非常明显。
其实按照明代的规矩，某一部要新任命尚书，须先由阁臣、六部尚书、都察院左右都御史及各地督抚提名，然后经商议推出一个人选，这就叫“廷推”。廷推之后，皇帝要做的只是正式任命或是否决而已。
现在情况特殊，朝中重臣很多都是阉党，首辅黄立极又被罢免，其余阁臣泥菩萨过河，自身尚且难保，哪有什么心思推举六部尚书人选。因此孙承宗、袁可立、王在晋、乔允升这四人都相当于是未经廷推，由皇帝直接任命的，这也是朱由检对旧秩序的一次成功挑战。
不过朱由检也知道，这次挑
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