放着威胁更大的建虏和流贼不管，朱由检却决定先平西南土司叛乱，实在大出群臣意料之外。在他们看来，土司叛乱不过是癣疥之疾，远不足以威胁朝廷的根基，似乎用不着大动干戈。
朱由检也懒得和他们多解释，直接把万历皇帝搬了出来。这下大臣们立刻没词了，因为“万历三大征”里确实包括平定土司叛乱。如果反对皇帝用兵，那就等于说神宗这一仗也打错了。诋毁先帝，谁敢？
其实朱由检当然有自己的盘算。做为穿越之人，他深知后金和流贼这两股势力都不是那么好对付的，即使自己能扭转乾坤战而胜之，也必须做好艰苦的持久战的准备。
对后金，现在缺乏有效的打击手段，只能凭借坚城防守，增兵不但起不到多大效果，还会加重朝廷的负担；对流贼，只要民生没有大的改观，老百姓仍然有饿死的危险，那么流贼就会此起彼伏，野火烧不尽，春风吹又生，单靠军事打击是不成的。
而相较之下，西南虽然看着不起眼，却正是用兵之地。首先，朝廷对土司的政策是羁縻，而朱由检向来反对羁縻政策。在他看来，羁縻之地都存在分裂的隐患，自己绝不能把这个问题再遗留给后代解决。
而在所有羁縻之地中，贵州和四川是处于内陆的。比他们更靠近边疆的广西、云南，反而已经实现了改土归流，朝廷对这些地方可以进行有效的管理。所以相对而言，贵州和四川的问题是比较容易解决的，因为那些土司只能在有限的范围内折腾，不会像蒙古人、女真人那样，有辽阔而荒凉、明军之力难以企及的大后方。
而根据老人家的战略思想，应该集中优势兵力，各个歼灭敌人；并且先打弱敌，在打击敌人的同时壮大自己，绝不打无准备、无把握之仗。从这个角度来说，土司也应该是优先打击的对象，因为不管他们再怎么折腾，毕竟实力有限，完全可以速战速决。
若能快速平定土司叛乱，好处也是显而易见的。首先，朱由检刚刚经历了“辽东之败”，需要用一场及时的胜利挽回面子，巩固自己的权威；
第二，抛开贵州不说，四川位于中国腹地，土地肥沃，人丁兴旺，是重要的战略大后方，不容有失；
第三，贵州和四川乃是通往西南边疆的必经之路，两省若乱，则边疆地区只会更乱；两省安定，边疆也会安宁不少，朝廷才能心无旁骛地对付后金和流贼；
第四，朝廷可以借着这个机会继续推行改土归流，尽快实现对这些地区的有效管理。
因此朱由检
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