曹文诏在南京的遭遇是朱由检始料未及的，他没想到有了自己的密旨，南京官员仍敢阳奉阴违。现在他也有些后悔，怪自己没给曹文诏更大的授权。不过转念一想，曹文诏毕竟是只是一员武将，让他独自执掌南京军政财权，乃至人事安排，恐怕也不妥当。
但是朱由检绝不会就这么善罢甘休。在他登基之前，明朝的权力结构大致是皇帝、官员集团和宦官集团互相制衡的一种局面。现在宦官集团已经不复存在了，但是另一种势力却在悄然抬头，那就是勋臣贵戚。比如周奎和燕凌，都是因为皇后蕊儿才得以身居高位；戚显宗亦因戚美凤而获得晋升。
现在京师官场中已有“后党”的说法，朱由检亦有耳闻。他对这种说法是嗤之以鼻的，因为他对这几个人都很了解。周奎虽然为人贪财，但朱由检并未给他实际权力，周奎也就没有什么寻租的空间；燕凌掌握着皇城警卫团，但他一贯为人低调，对自己忠心耿耿，平时与外臣几乎没有任何接触；戚显宗更是远在登州。
当然，朱由检并非没有想到过限制外戚的权力，一来是为了避嫌，二来人有可能是会变的，朱由检也不敢保证这几位皇亲以后就肯定不会出问题。但是，现在肯完全听命于他、不折不扣地执行他的命令的只有这些人，所以朱由检也只能先毫无保留地重用他们，等今后制度完善、人才辈出时再作别论。
但勋臣贵戚可远不止这几位，像英国公张惟贤这样的功臣之后还有很多。这些人不但拥有财富和声望，与地方上的富豪缙绅也有着千丝万缕的联系。而富豪缙绅的另一头便是官员集团，这两股势力联手，就会对皇权产生较大威胁。
尤其是像南京这样的地方，勋臣还直接掌握一定兵权，更为可虑。从曹文诏的遭遇可以看出，并不是所有勋臣都能像张惟贤一样识大体，当皇帝的政令与他们的利益产生冲突时，他们就会千方百计地设法阻挠，甚至让圣旨成为一纸空文。
本来勋臣制度也是一项重要的“祖制”，朱由检还没想这么快就去动它。但是这件事让朱由检下了决心，一定要趁勋臣贵戚集团还没有成气候之前，狠狠地敲打他们一下，让他们不敢轻举妄动。待局势稳定后，再从制度上彻底解决。
反复斟酌了大半夜后，朱由检命贴身伺候的梅剑写下了一道诡异的圣旨。圣旨内容大致是：今年先是建虏入寇，紧接着是叛军骤起、各地官军平叛不力，户部和兵部有不可推卸的责任。做为这两部的尚书，王在晋和袁可立难辞其咎。本应治罪，念在二人年事已高，过去筹谋策
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