朱由检想对祖大寿、吴三桂等辽东边军将领“动手”，可不是一天两天了。抛开在另一个时空的历史上，二人先后降清，吴三桂更成为遗臭万年的大汉奸不论，单是祖大寿在大凌河差点投降的表现，已经让朱由检对他有了极大的警惕之心。辽东边军投降可是有“传统”的，李永芳、孙得功、佟养真等人前仆后继，焉知祖大寿就不会是下一个呢？
再退一步说，即使祖大寿不想投降满清，可他为牟取私利而拥兵自重，部下动辄索饷、哗变，如果没有他的将令，朝廷就调不动这些边军，这已经是不争的事实。对朱由检来说，这就是不折不扣的军阀！
他可以暂时容忍卫所军的怯懦无能，但军阀则绝对不能容忍，因为军阀的存在，对中央政府的权威是极大的削弱。纵观中国历史，远有唐末藩镇割据，近有现代的北洋军阀中原混战，无一不把国力消耗得极度衰微，人民深受其祸，最终必然导致外族入侵，那便是中华民族的一场浩劫。
所以自从把辽东边军撤回到山海关，朱由检就已经下定决心，要设法剥夺祖大寿的军权了。但他也知道，祖大寿身为李氏家主，在辽东边军中的势力根深蒂固，可不是想剥夺军权就可以剥夺的。若想当然地来一道圣旨，把祖大寿调离边军，祖大寿自有多种手段可以对抗，比如拖延时间、制造假哗变等等。真把他迫急了，说不定他还会狗急跳墙投奔满清。一旦祖大寿不奉诏，那就麻烦了，朝廷不讨伐他，则自取其辱；一旦讨伐，那就是自相残杀，让满清昨收渔翁之利。
所以朱由检也只好暂时隐忍，不但不去刺激祖大寿，反而授予他伯爵，以安其心。同时双管齐下，一方面让高第节制祖大寿，并以满桂、何可纲等部监视之，并迁边军家属至山海关以南安置，让祖大寿不敢轻举妄动；另一方面及时足额发放粮饷，甚至还上涨月饷，让边军的普通士卒得到朝廷的好处，不会被祖大寿一拉就跑。
这种安抚政策已经执行了一年，收到了不错的效果，祖大寿部一直都比较安分，再没闹出什么哗变之类的乱子。这说明人心思定，朝廷已经在边军心中初步重建了权威。恰逢流贼肆虐西北，周延儒束手无策，朱由检正好借着这个由头调吴三桂去剿贼，看似顺理成章，也没有引起祖大寿的怀疑。
只有朱由检自己知道，这只是第一步。只要吴三桂离开了山海关，他就再也别想回去了，引清军入关这种事永远也不可能再发生。他也别想像历史上的吴三桂那样盘踞在云贵，几千人马入关以后，既无地盘又无兵员补充，粮饷军需等一
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