设立市舶所，是朱由检和熊汝霖早就规划好的一步棋。当熊汝霖以飞鸽传书急奏京师后，因为不涉及祖制等麻烦问题，朱由检又向温体仁等人暗示过，“温党”阁臣加上中间派阁臣，以及黄宗羲等中书舍人均对熊汝霖的想法表示支持。
而东林党人这时候仍把全部精力都集中在“督师不力”的周延儒身上，对东南沿海一个偏远小县的事情，并无多大兴趣。所以很快内阁便出了票拟，同意在南安县设立市舶所。朱由检立即批红生效，心中自是大喜：这可是个重要的“判例”，以后也可以成为“旧制”了。
得到朝廷的批准以后，南安市舶所立即开始运作了。办公地点很简陋，就是在南安最大的河流晋江入海口处搭了个简易棚子，因为很多商船都是从晋江中启航。
不过，别看办公地点简陋，市舶所的权力却不小。此前虽有三大市舶司，但朝廷对每个市舶司的运作并未做统一规定，各市舶司都是各行其是。这就给了南安市舶所足够的空间，朱由检把这里做为试点，推出了与其他市舶司并不相同的政策。
市舶所的基本规则很简单：凡是南安县境内百姓，欲出海打渔或是贸易者，必须以船只为单位，在市舶所注册登记。只有注册过、有市舶所颁发牌照的船只，才允许出海，否则一律不准出海，抓到了就以走私论处，船即没收，人即收监定罪。至于南安县境外的船只，也可以在市舶所注册登记，只要来了南安县，与南安本县的船只待遇相同。
依规注册的船只，则分为渔船和商船两种，颁发不同的牌照。渔船禁止从事贸易，但相应地，收取的税银也很少，每月仅象征性地收取一两银子。只要渔民够勤快，天天出海打渔，这个生意是稳赚不赔的。
至于商船，则根据船只的载货量分为两档。二百料以上的船只，每船收取税银一百五十两，或所载货物三十取一，从其较少者为征。二百料以下船只，每船收取税银一百两，或所载货物四十取一，从其较少者为征。不论出口进口，税率标准统一。
这个税率标准，是朱由检和熊汝霖经过反复探讨后暂定的。在朱由检看来，这个税率实在不高。不但比三大市舶司的税率低很多，即使是和现代社会比，各国关税的平均水平也大大高于这一标准。而且不论何种货物，一律按一个税率计征，也过于简陋了点。
但熊汝霖认为，民间走私成风，根本没有交税的习惯。如果税率上来就定得很高，则不利于促使百姓依规通过市舶所进行贸易。如果把税率先定低点，给贸易者增加的
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