随着素问这一番开始，禅宗的“无相戒”也是第一次显现在世人面前。净心寺以及禅宗都走在一条有别于其他宗门的道路上，并且这差异开始显现出来。
之后又是将灵山寺众人收入门下，并且重新赐予法名。分别为行难，行云，行福，行真……等二十四人。
并且将相难及其他人分别归入各分堂之中，算是使寺内各堂人手短缺这一情况多少有了缓解。其中相难等八人归入知客堂，又有四人归入云水院，四人归入戒律院，两人归入罗汉堂打杂，四人归入行心行明负责的斋堂和香积厨，还有两人会一些粗浅医术，被归入到药师院中。
此刻菩提院仍然是五人，以法海为院主；
罗汉堂变成了七人，以鲁智深为堂主；
戒律院七人，以道衍为主；
行水院七人，以素问为主；
药师院三人，以行圆为主；
知客堂人数最多，足足十七人，毕竟知客堂负责的事情太多，正殿外打扫以及施茶也都是知客堂负责。其中以行正为主，行难为辅，虽然行正仍然是代理，挂着副职的身份，地位却更加牢固了。只是在寺内时间太浅，佛法修为也太低，只要再这样下去成为堂主是迟早的事星战士传说。
同时寺内每日要有巡逻的僧人，由戒律院为主负责。
最后是斋堂与香积厨，以行心为主，共有九人。
至于行道，素问没给他安排任何职位，只是让他在随法海修行之外，每日负责看管山上农田。除他之外，云水院中也每日出一人与他共同。
虽然行道智力上有所缺陷，但身为法海的弟子，又有道衍看顾，想来不会有人会欺侮于他。
将这些事情安排好后，接下来素问就是立下《禅苑清规》。
以前寺内规矩不多，除了佛门十戒以外，很少有需要注意的地方。但这次的《禅苑清规》则包含了方方面面，除了包括寺内管理的方方面面，以及“违法乱规”的僧人如何惩罚，严重者甚至要烧毁其僧衣及其他道具，从侧门赶出。还有着各种仪式礼仪，此后无论什么事都可按照这《禅苑清规》来安排准备。
其中最重要的就是实行农禅并举，所有人每日都要做农活或者其他劳作，包括住持素问、法海、道衍等人在内同样如此。一直以来佛门不事生产都是颇为遭人诟病，而在农禅并举之后，禅宗所有人都要重视劳动，不是单单打坐修行就可以。哪怕现代社会在各方面已经非常发达，并不一定欠缺僧人自己生产的那些粮食，
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