商毅现在可没功夫去管朝廷怎样应付李自成，收复了杭州之后，商毅立刻分兵出击，陆继收复浙江其他的失地。因为这时其他各地的叛军也以经分崩瓦解，因此商家军一路进军，都是势如破竹，有些地方的残余叛军，不是作鸟兽散就足开关投降，并不费力就连继收复了嘉兴府、湖州府、绍兴府和宁波府等地。还有金华府和严州府则是由当地乡绅带领，自行反正，商毅也没有派兵过去。整个浙江叛乱，也全告结束。
其中收复宁波府的罗远斌还发回来一份报告，说位于宁波府象山县的昌国卫属下的五个所居然没有投降叛军从乱，而且在叛军作乱的这段时间里，一直守卫着象山地区，并没有被叛军攻占。
商毅见报之后，也不禁对昌国卫大感兴趣，在这种情况下，这个卫所还能够守卫住地方，确实是不容易。也说明这个卫的指挥使一点有些本事。另外商毅还知道，昌国卫是一个海防卫，应该有一些战船水兵，即然是在浙江立足，商毅早就有建立一支海军的计划，因此也打算在最近到昌国卫去视查一下。
因为现在朝廷还没有给商毅收复的地方派下州府的地方官员，因此所有收复的地方暂时都由商家军接管，当然商毅也知道，大明朝廷早己经被李自成弄得焦头烂额了，现在那还顾得这些事情，那么现在自己以经在实际占领了杭州府、嘉兴府、湖州府、绍兴府、宁波府五处州府。由于商家军的军纪严明，秋毫无犯，因此所倒之处，也受当地百姓居民的一致称赞，地方秩序也都很快稳定下来。
商毅也正式派人到山东青州，让叶瑶瑱组织带领留守在穆陵关里，自己手下的一应行政管理人员，全部都赶到杭州来，准备全面接手，浙江等地的管理事务。不过还是留下一团和其他预备队在穆陵关驻守。当然要等到他们赶到杭州来，至少也是一个月以后的事情，在这段时间里，自己有必要先做好一个未来的规刬，同时也要做一些相应的淮备工作。
其实早在山东的时俟，商毅对于未来，一直都在不少想法，只是在没有确定一块俱体的根据地时，都只能是一些零散的片断，不成系统。现在终于有了自己的地盘，就可以根据实际情况，制定未来的发展计划。
因此在连续几个晚上，商毅都在认真的思考着未来。同时也铺下纸笔，做好了各种记录和一些突发的构想。
就目前的情况来看，明朝的灭亡基本上己经是铁板钉钉的事情，而且俱体时间估计也不会和另一时空里有多大的变化，那么吴三桂的倒戈和清军入关，也应该会如期发生，而南明福王
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