括亚莉桑徳拉的西班牙雇佣军在内，确实也对城里的居民都是秋毫无犯，而且还帮居民们做事，和以住西班牙军队的行为确实是大相庭径，再加上毕竟是同根同源，本能也要亲近一些，而且大明朝廷在华人心目中，还是有一定的威信力，因此也就慢慢放松了戒备之心。同时也有人应征，充当向导。
西班牙人是在1628年开始在台湾驻军，他们就是在鸡笼港登陆，并在台湾北部先后建立了圣地亚哥城（台北县三貉角）、至萨尔瓦多城（基隆和平岛）、圣多明哥城（淡水）等三城。因为鸡笼正好位于这三城形成的三角形中间，因此西班牙人也称鸡笼为“至圣三位一体城”。在1634年西班牙军对出兵攻占了噶玛兰（宜兰），将台湾的东北部全部化规为自己的势力范围，建立起殖民统治。
现在鸡笼、社寮岛都被商家军占领，而在第二天一早，商毅就下令，分兵三路，在向导的带领下，还带上了几名西班牙军的军官，向西班牙人的另外两座圣城：圣地亚哥城和圣多明哥城，以及噶玛兰发动进攻。全面夺取西班牙军在台湾的地盘。
西班牙军在台湾的驻军最多时达到一千五百余人，但在1638年因为菲律宾总督科奎拉征伐摩洛族，需要兵源，因也从台湾调走大部驻军。这时全台守军不足七百，只能集中兵力来守卫鸡笼和噶玛兰两地，圣多明哥城几乎己经完全放弃，圣地亚哥城的守军也只有一百多人。只有在噶玛兰到是还有二百四十多名守军和五百多土著兵。
因此在商家军的兵锋所到，又有西班牙军的军官劝降，圣地亚哥城和圣多明哥城都开城纳降，沒有暴发过一场战斗。只有驻守噶玛兰的西班牙军却拒绝了劝降，同时也对商家军的危胁：破城之后，所有西班牙士兵一率枪决。不屑一顾。坚决要与商家军一战。
于是商家军又等了一天，才向噶玛兰发动进攻，结果在商家军的十门火炮的轰击下，不到一个时辰，噶玛兰的土围城墙即土崩瓦解，而守卫噶玛兰的西班牙军和土著兵也被打得死伤惨重。这才知道双方的实力相差太远了，只好也投降。整个战斗只用了不到半天时间。
而至此，西班牙人在台湾的势力也全部都被商家军接收。离商家军踏上台湾的土地，仅仅只有三天时间。
随后商毅下令，通知商家军管辖地区内的各华人，当地土著，到鸡笼城来参加会议。
台湾土著在后世统称为高山族，实际可以细分为泰雅、赛夏、布农、邹族、鲁凯、排湾、卑南、阿美、达悟-邵族等十余个族群。台湾土著是以
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