无论是在当时，还是后世的专家分柝，最有资格，也是最适合继承皇位的人选就是福王朱由崧。一来朱由崧近在淮西，迎请方便，二来朱由崧是万历皇帝的嫡孙，崇祯的亲堂兄，血统也最近。这一点也是朱甴崧的最大优势所在，因此既使是在当时，也许多有识之士，如淮西巡抚路振飞，给事中李清、章正宸，进士郑元勋等人都有过类似的提议。
但因为东林党人在三十余年的那一场立嗣之争，保住了皇长子朱常洛的太子位置，使当时万历皇帝和郑贵妃希望立福王朱常洵（即朱由崧的父亲）为太子的图谋才化为泡影。因此他们担心一旦朱由崧登上帝位，重翻旧案，自己在政治上将会失势。
于是以当时的东林党魁，礼部侍郎钱谦益为首的东林党人，以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓继承皇位,强烈反对由朱由崧来继承皇位。而支持钱谦益的，也有南京兵部侍郎吕大器、南京户部尚书高弘图、右都御史张慎言、詹事府詹事姜曰广等南京重要的大臣。
但这个提议也遭到许多人的反对，因为潞王朱常淓一来是崇祯的长辈，二来血统也比朱由崧较远，非神宗的嫡系子孙，所谓贤名，其实不过是喜读书、好空谈而己，如淮西巡抚路振飞就直言不讳：“议贤则乱，议亲则一。”
而在南京具有举足轻重地位的首席大臣南京兵部尚书史可法，一方面在内心里也认为应该按伦序，迎立万历皇帝的子孙，但对拥立朱由崧有所顾忌，在另一方面又不得不考虑其他东林党人的情绪，因此提出了一个折中的方案，即不立褔王也不立潞王，改立远在湖南的桂王朱常瀛为君。
然而无论是史可法还东林党人都没有想到，一场更大的阴谋，正在他们议论不决的时候悄悄展开。
原来守备凤阳太监卢九德在万历末年，曾在宫中服伺过老福王朱常洵，因此对朱由崧非常有好感，希望把朱由崧扶上皇位，于是也在背后帮助朱由崧策划，并亲自出面联络黄得功、刘良佐、高杰等三名有兵权在手的实力派大将，许以高爵，说服他们拥立朱由崧为帝。
黄得功、刘良佐、高杰贪图拥立之功，因此也都同意，但三人虽有兵权，但声望不足，还需要找一个位高权重的文臣来主导才好，于是卢九德决意找凤阳总督马士英出面主导，而黄得功和刘良佐又提出，最好再说动浙江的商毅一起行事，则更有把握一些。
因为商毅的资历虽然不深，但在去年下半年率师南下以束，连败李自成、张献忠，平定浙江叛乱，战功赫赫，威震南方，黄得功和刘良
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