官都封完了，就该封武将了因为现在北方并不安定，清军己经攻入了北京，而大顺军虽然被清军所败，但仍然还有数十万人马，这两股势力对南明都存在着相当大的危胁，因此这不仅仅是给众武将加官进爵,同时也要布置南京的守卫防线
经过史可法等内阁大臣商议决定，在长江以北的淮、扬、徐、泗、凤、寿、滁、和等地设立四镇，由刘泽清辖淮州、海州，驻守淮北，并经理山东一带高杰辖徐州、泗州，驻守泅水，经理开封、归德一带刘良佐辖凤阳、寿州，驻守临淮，经理陈州、杞州一带黄得功辖滁州、和州，驻守庐州，庐、巢、经理光州、固州一带同时封黄得功镇南候，高杰兴平候、刘泽清东平候、刘良佐广昌候每镇额兵为三万人，本色米二十万，折色银四十万，并悉听各镇自行征取而且如有收复原之地，则该地受其管辖
同时史可法又上疏自请，督师江北也被朱由崧当殿批准
在后世的一些说法，都认为这是史可法的又一个大失误，轻易的就赋予了四镇兵权以及行政权力，终于酿成了武将拥兵自重，不尊朝廷的局面，而自己又轻率的离开南京的政治心，将朝廷的大权拱手让给了马士英
但从当时的情况来看，这也是不得以的事情，首先由于在朱由崧登基之前，史可法写给马士英的那封数朱甴崧“七罪”的信被马士英交到朱由崧手里，做为打击史可法的实证，因此史可法也清楚，自己留在朝，也难以取得朱由崧的信任，而四镇都各掌重兵，又立有拥立之功，肯定是要给予实质性的奖励，就算史可法不提，马士英也会提出，那还不如由史可法主动提出来，对四镇加以笼络，然后自己在督师江北，如果能够收伏四镇，也是达到削减马士英羽翼的目地而且朝廷的大部份位置都被东林党人占据，就算史可法离开南京，东林党也能控制得住局面
江北四镇设立之后，南明还有其他三股武将的势力，为湖广的左良玉、广东的郑芝龙和浙江的商毅弘光朝廷加封左良玉为宁南候，驻守江、辖湖广之地，加封郑芝龙为安南伯，驻守广东，其弟郑鸿逵为靖鲁伯，驻守镇江，部将郑彩为总兵分管水师但怎么加封商毅，却让马士英觉得很难办了
现在商毅的势力范围是浙江，这也基本得到了弘光朝的认可，因为商毅带回了崇祯的遗诏和玉玺，无论马士英怎么不愿意，也要对他加封，但商毅已经是挂将军印的总兵，又是临邑候，如果再向上封，只能晋公爵或是出任南京五军督都府的职务，再不就是加三公一类的虚衔
但这三个方案都难
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