多，大多数地方都是组织地方民团兵力守城。
这样的武装力量那里能够抵挡得住商家军的进攻，结果两路进军都十分顺利，几乎是势如破竹一般。南路军由成进率领，渡过黄河之后，一路北上，连续攻取了沭阳、海州、宿迁、赣榆等地，整个运河以东的地方，全部都归商家军所有；而北路的周少桓和童大勇率领，举兵南下，一路攻取了莒州、蒙阴、沂州、郯城等地，攻取了鲁南地区。双方在淮安府和兖州府交界的郯城、赣榆一线胜利会师，取得了完满的胜利。
全部战斗也只用了十几天的时间，人马所到之处，清军不是弃城而逃，就是拱手投降，几乎没有发生过千人规模以上的战争。等战事全部结束以后，商家军一共夺取了两个州城、十二个县城，歼敌一千三百余人，投降五千余人，不仅又扩地二万多平方公里，而且也将目前商的全部领地都连结在了一起，就是从杭州派出的船队也可以在海州、灵山卫等地停靠上岸，直接送到山东战区，而不必非要绕过山东半岛，才能在登州地区靠岸。
到这个时候，商毅己经控制了北起勃海南端，南至台湾北部的所有中国沿海地区，纵跨有山东、南直隶、浙江三省，地域近二十万平方公里，人口约八百五十余万。己经成为这个时代的中国一支不可忽视的力量。
另一线的战斗中，李自成得到商家军援助的火炮之后，也死死守住了武昌，阿济格虽然发动了多次进攻，但都无法取得进展，又得知中路的多铎惨败，因此也只好退兵驻守襄阳、承天一线。到这个时候，清军发动的南征进攻，也终于全部停止下来。明清之间形成了南北对持局面。
而这时清军中路的主将多铎早己将败阵的结果发回北京，现在正在等着听候北京的发落，但在北京的决定下来之前，多铎还必须尽守土之责。但随着商家军鲁南战役的结束，军的淮东尽丧，鲁南尽失，整个中原地区都受到极大的危胁，多铎也大为震惊，赶忙又招集众将商议，如何面对商家军咄咄逼人的进攻。
这时清军的诸将都己是惊弓之鸟，耿仲明当时就提议，现在清军新败，士气低落，不宜与商家军再战，一但商家军再发动进攻，只怕连淮北都守不住，因此建议多铎不如放弃淮北，退守开封一线，这样不仅可以和阿济格部靠近，而且还能保证中原地区的安全。
这个建议得到了许多将领的赞同，但却遭到了洪承畴的强烈反对，因为尽管商家军的攻势很盛，但其实己是强弩之末，所取都是清军兵力薄弱的地方，虽然打通了鲁南，连结了山东和淮东，
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