士英的牵连，因此也马上向史可法表示，自己绝无反心，原意继续为南明朝廷尽忠，并马上上表南京，说明自己对诛杀马士英的支持，表达自己的忠心。
随后史可法又赶到刘良佐的大营，见黄得功已经被史可法劝服了，刘良佐自己也不再硬抗下去，其实他们两人这一番闹滕并不是想为马士英翻案，而是为自己争取最大的利益,既然这个目地达到了,刘良佐自然也就见好就收,也学黄得功一样上疏表忠心。
安抚住了黄得功和刘良佐，史可法这才又回到南京。最大的外部危胁也解除了，南京城里的秩序也在逐渐的恢复，官员们这才都松了一口气，总算是熬出头來了。下一步也就是恢复朝廷的秩序和运作，首先是确定内阁人选，首辅已由史可法出任，原來的两名阁臣吴甡以次辅兼任户部尚书，钱谦益兼任礼部尚书。
而被马士英罢职的一批东林党人，也都陆续纷纷被招回朝中，又选了高弘图和黄崇羲入阁理事。姜日广出任吏部尚书，候恂出任刑部尚书，王铎为工部尚书，黄道周、张慎言分别任都察院左右都御史，复社四公子这一次也都入朝为官，候方域任礼部待郎，方以智任少詹兼侍读，陈贞慧和冒避疆出任御史，就连林之湖也弄了个户部员外郎，比以前的主事到是升了一级。
对这些人选任命朱由崧到是言听计从，一一照办，显得十分配合，这样一來朝中的主要位职几乎全由东林党人出任，既使有些位置不是东林党，但也沒有所谓的奸邪之徒了。
而就在第二天，候方域就上疏內阁，指出马氏虽诛，余党犹在，要求朝廷查除马士英的余党，这一建议也得到了许多人的支持，除了候方域的另三名好友，还有张慎言、黄道周等人，也都主张彻底淸查马党余势。
但这份上疏很快就被內阁驳回，史可法代表内阁答复，朝廷己经言明，只诛马士英，不牵连傍人，不可出尔反尔，而且马士英本无党阀，不必清查，同时以后此事也不可再论。
其实候方域上疏之后，在内阁里黄宗羲是主张照办的，严查马士英的余党，但史可法、吴甡都坚决不同意，因为史可法也记得商毅劝告，现在正是多事之秋，凡事当以稳定为主，以备战守地为重。吴甡也十分赞同，而且马士英出任首辅的时间只有一年，还沒有來得及大范围安插自己的班底亲信，因此马党除了阮大铖之外，到还沒有多少有份量的人物，现在阮大铖也己被逐，马党实际己烟消云散了，就算有少许余党，也都是无足轻重的小角色，翻不起大浪，一但继绫追查，扩大打击面，难免有人会
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