能够领军，而且在內政方面也做得同样出色，山东军区己经形成一个初步能够自己自足的地区，而且尽管过去山东军区一直相对独立存在于商家军的系统内，但军区几名首领对商毅仍然保持着相当高的忠诚度，对商毅一直敬服不己，在山东地区也处处模枋商毅的行事作风，因此也赢得了一个“小督师”的外号。
虽然在清军南征时，山东军区并没有打什么大仗，尽管一直主要担任的牵制、吸引清军力的作用，但对商毅的命令执行却十分坚决，从来沒有报怨挑剔过。这也和周少桓的耐心劝说、解释分不开。而且在商家军跨海突袭辽东的时候，山东军区是担突袭舰队的桥头堡和大后方的双重作用，并且也派遣兵力参与了这次突袭任务，也可以说，如果沒有山东军区的协助和配合，这次突袭作战也无法取得成功的。
随着现在南京政府的势力己经扩大到了中原地区，而且和山东战区也重新打通了陆地的联络，在未来对清军的作战中，山东军区仍然是一支不可缺少的力量。
淮南军区，司令部设在凤阳，由原来的第一军组成，司令员成进，副司令员赵英杰；参谋长尤洪亮。下设四个军：总兵力九万八千人。
第一军：军长苏建林，辖第一师、第五师、第二十九旅。
第十一军：军长程培经，辖第七师，第二十师。
第十五军：军长程培经，辖第二十四师，特种兵旅、第一旅。
第十八军：军长黄绳武，辖骑兵师、第五旅、第十九旅。
在两次清军南侵的战役中，淮南军区都是担任着主力部队，打了不少的大仗硬仗，也立下了不少功劳，司令员成进，己经成长为一各出色的指挥者，可以算是商毅手下的头号猛将，在下一步对清廷的作战中，淮南军区仍然是中华军的绝对主力。
江西军区，司令部设在赣州，由原来的第二军组成，司令员罗远斌，副司令员王信；参谋长刘伯涛。下设三个军：总兵力七万二千人。
第二军：军长吴礼林，辖第三师、第三旅、第八旅；
第十二军：军长刘远报，辖第四师、骑兵师；
第十六军：军长郑广明，辖第六师第九旅、特种兵旅
江西军区的实际范围并不仅仅只是江西一省，南京政府的南部地区，使南京政府在与清军作战时，沒有后顾之忧。而如果平定了北方之后，江西军区也将成为进攻南方的先头部队。
湖广军区，是由湖北军区加上驻守湖南的第三军合并而成，司令员李定国，副司令
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