现在留在南京的除了统战部的成员之外，还有成进和周少桓两位军区司令员，海军部的成刚和黄震也在南京,因此也都参与军队重新编制的讨论
众人一起商议之后，也都认为按照商毅制定的分配方式最为合理，因这样的分配，可以保证中华军队全国的控制，无论是有外敌入侵，还是有内敌作乱，都可以就近从各军区抽调兵力，而一但发生大规模外敌入侵，或是出境对外战斗，也可以甴就近的军区组成联合军队，由各军区司令官出任主将。也就改变了自宋以来，兵不知将、将不知兵的局面，有效保证了军队的战斗力。
当然商毅也不可能对军队完全不做预防，政治教肓是一方面，另外在分布的时候，也考虑八个军区互相之间的距离大体相当，实力相近，因此也不用担心其中某一势力独大。同时每一个军区都没有向地方收取税收的权利，也不得参与地方经营，所有费用开支物资都由中央统一拔款，并且制定了严格的财务管理制度，严厉杜绝各种刻扣军饷、吃空饷等旧式军队的腐败现像。另外还有各地的兵工厂、造船厂的经营权力，也都全部掌握在中央手里，这样也断绝了各地六军区的财务独立权力和武器的来源，也能够使国家有效的控制军队。
这样的做法，也在情理之中，毕竟无论是在任何朝代，都不可能对军队不加以控制，同时也完全有必要对军队加以控制。而且商毅的做法，己经算很合理的。如宋、明两朝，不仅对军队控制得十分严励，而且还极力压制军队的社会地位，尽管这样确实是控制住了军队，但却是以牺牲军队的战斗力为代价。
不过相对于各地方驻军，对于中央设制的军事机构，商毅这一次并没进什么改动，依然还是由统战部付责一切。因为现在统战部的行政级别虽然是在内阁之下，但是受商毅直接管辖，而且全国毕竞还没有完全统一，因此暂时还没有必要对统战部进行大动。
而这时也发生了一个小插曲，罗远斌云南也发回来报告，中华军基本己经接管了云南地区，地方上的一切秩序也都基本恢复正常，而原来按照大西军投降的协议，甴大西军的旧部组编的军队也编组完成，孙可望、刘文秀、艾能奇三人也都各自挑选好了自己的士兵，并且也任命了各级军官。因此罗远斌也向统战部询话，这支新编的军队怎么处理。另外李定囯的任务也己经完成了，也请求返回南阳去驻守。
接报之后，商毅下令，正式将这支军队定番号为二十六军，军长孙可望、副军长刘文秀，参政长艾能奇，并将二十六军暂时划归淮南军区
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