毕自肃被绑时，士兵们都误以为他克扣军饷，于是去他的住处搜索，结果空空如也。事后毕自肃赌气不吃饭，受此侮辱的他终因气愤不过自杀身亡。可悲，可惜，又可怜。
袁崇焕八月初抵关，亮上尚方宝剑，诛杀了带头闹事的十五人，并斩知谋中军吴国琦，斥责参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人，方平息了兵变。
袁崇焕这个举动，间接地造就了一个猛人的诞生，左良玉在宁远兵变被撤职后，辽东混不下去，转而去斩杀农民军，结果一发不可收拾，又经过侯恂的提拔，逐渐变成了拥兵一方的大将。
这次兵变后，袁崇焕就改变了关外的布防，何可纲代替朱梅镇守宁远，祖大寿镇守锦州，赵率教镇守山海关，他自己留守宁远，因为这是他的一块宝地。毕自肃死后，袁崇焕奏请崇祯取消辽东巡抚一职，并罢免登、莱巡抚孙国桢，取消这一职务，崇祯都一一应允。
至此，袁崇焕构想的“一督两镇三驾车”的防御布局正式形成。一督，就是他自己总督军务；两镇，就是赵率教镇守山海关，他镇守宁远（锦州和宁远合并成一镇）；三驾车，就是祖大寿、何可纲和赵率教分别驻守锦州、宁远和山海关。
袁崇焕：臣自期五年，专藉此三人，当与臣相终始。届期不效，臣手戮三人，而身归死于司败。
袁崇焕许诺在未来五年内，将全权仰仗三位仁兄和自己同进退，如果五年后不达标，车毁人亡，不求同年同月同日生，但求同年同月同日死，以死谢罪。他将自己绑上战车，一荣俱荣，一损俱损。
崇祯二年，后金天聪三年（1629）五月，袁崇焕拿着尚方宝剑把玩了几天，心情是出奇的好，心情好，头脑清醒，吸的氧气更有质量，想的东西就不一样了。
光说不练假把式，同样，光看不用也是假把式，得找样东西来试试刀。根据平时的考勤表和自己的细心观察，也就只有毛文龙毛岛主能胜任这份差事了，于是他开始磨刀霍霍向阿毛。
这个原因既不是毛文龙长的丑影响军容，也不是他长的帅影响军心，造成混乱。而是他总是把上级领导的话当作耳旁风，把上级的命令当做一纸空文，执不执行他说了算，领导说了不算。
皮岛和朝鲜离的很近，战时可以和朝鲜组成战略同盟，一起骚扰偷袭后金的后方，争取开辟第二战场，建立敌后抗金革命根据地，扩大破坏范围，使后金军无暇南下。可是，战争的时候，毛文龙基本没发挥出相应的作用，在袁崇焕的眼里就是资源浪费。
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