之后，就再也没有书信往来了。陛下若不相信，臣愿告老还乡，以证臣之清白。”
徐光启心中觉得这简直是天降横祸。他一直以为徐晨是忧国忧民的贤士，在知道徐晨在米脂大范围推广红薯、土豆、玉米三种作物抗旱之后，而且推广面积比他在天津卫做的都要大，他都有打算向朝廷举荐徐晨的想法。
结果他刚派一个学生去了米脂，那学生就写书信告诉他，徐晨带领大同社造反了。没多久，他又听到了徐晨攻占了延安府，攻占了榆林镇，他简直不敢相信，这就是和他书信往来的那个徐晨。
因为有陈子龙的书信，他对于徐晨和大同社的事情，徐光启了解得比天子和其他大臣更深。他知道徐晨和一般的反贼不同，他要带领一群读书人建立大同世界，所以才会有这么多读书人追随徐晨。
不过，徐光启也不看好徐晨的想法，公天下已经是几千年前的事情了，在王莽改制失败之后，历代的儒生已经彻底放弃了回归三代之治的想法，他也不看好徐晨的未来。
御史薛国观冷笑一声，讥讽道：“谁知道徐尚书这告老还乡之后是不是想去投靠贼寇？说不定他早就和那反贼徐晨勾结在一起了。”
崇祯帝也是一脸怀疑地看着徐光启，眼神中充满了警惕。
这时，韩爌严肃地说道：“陛下，人心隔肚皮，想来徐尚书也不愿意遇到像徐晨这样的叛逆。如果连这都要处罚，现在关中拥有的叛逆何止十万，那是不是要把整个关中的大小官员全部以通匪之罪论处？这样做只怕会引起朝廷上下的恐慌，不利于稳定局势。”
崇祯帝听了，想了想后说道：“礼部尚书识人不明。朕就不处罚你了，告老还乡去吧。以后要谨慎交友，莫要再犯如此错误。”
徐光启无奈地叩首道：“臣叩谢陛下。”说罢，他缓缓起身，眼神中满是落寞，一步一步地退出了朝堂。
崇祯二年（公元1629年）3月17日。
长安城三边总督府。
一个太监打开圣旨道：“奉天承运皇帝，制曰：
朕惟赏功罚过，朝廷之大典；惩恶劝善，帝王之深心。尔杨鹤起自戍籍，累迁至总督陕西三边军务兵部尚书，本以老成起用，素称持重，然膺剿寇之任，竟无戡定之能。剿抚失策，坐视流毒三省；奏报不实，虚糜粮饷百万。延绥告陷而束手。～～致使流寇蔓延，民生凋敝，岂非玩寇养奸之咎乎？
兹据都察院会勘明白，本当重典，念其耄年远戍，特从宽宥。着革去太子少保
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